Autorstvo pojmu počítačový vírus je pripisované Američanovi Fredovi Cohenovi, ktorý sa ako jeden z prvých začal škodlivými kódmi a obranou proti nim zaoberať. Tento americký študent predstavil prvý počítačový vírus 10. novembra 1983 na seminári o počítačovej bezpečnosti. Prvé programy obťažujúce užívateľov počítačov vznikli už v prvej polovici sedemdesiatych rokov minulého storočia, pričom neblahé prvenstvo býva pripisované programu Creeper. Významný míľnik v histórii škodlivých kódov potom predstavoval program Elk Cloner, ktorý roku 1982 vo väčšej miere napadol počítače Apple II.
Doktorand na Juhokalifornskej univerzite Fred Cohen v rámci seminára o počítačovej bezpečnosti napísal pre operačný systém Unix program, ktorý sa správal podobne ako skutočný biologický parazit. Z prvotného hostiteľa, ktorým bol program pre grafické zobrazenie štruktúry adresárov, sa Cohenov vírus kopíroval do ďalších programov a postupne získaval prístupové práva k jednotlivým častiam počítačového systému. Päť názorných pokusov, ktoré Cohen vykonal 10. novembra 1983, preukázala, že softvér je životaschopný. Rýchlosť s akou pracoval prekvapila aj samotného tvorcu. Nadvládu nad počítačmi získal vírus najneskôr do hodiny od spustenia, pričom rekord bol necelých päť minút. Na Cohenovu obranu treba povedať, že išlo o riadený experiment, ktorý navyše nespôsobil žiadne škody. Pokus však okrem radu užitočných informácií Cohenovi vyniesol aj zákaz ďalších experimentov od frustrovaného správcu systému.
Svoje poznatky Cohen zhrnul do práce Počítačové vírusy: teória a experimenty, ktorá obsahovala podľa všetkého prvú definíciu vírusu ako programu, ktorý dokáže modifikovať iné programy tak, aby obsahovali jeho kópiu. Hoci Cohenovi je často pripisované aj autorstvo samotného pojmu počítačový vírus, on sám za otca tohto termínu označil profesora Leonarda Adlemana, odborníka na bezpečnosť počítačov.
Spočiatku sa vírusy šírili najmä prostredníctvom diskiet, ale pravý boom zažili až s väčším nástupom počítačových sietí v deväťdesiatych rokoch. V súvislosti s rozšírením internetu nešlo len o nárast počtu zákerných kódov, ale aj o vznik ich kvalitatívne nových foriem , označovanej súhrnne ako malvér. Užívatelia sa tak začali učiť nové pojmy ako počítačový červ, čo je v podstate vírus, ktorý sa šíri sieťou bez nutnosti byť súčasťou iného programu alebo napríklad trójsky kôň, ako sa označuje program, ktorý predstiera určitú činnosť, zároveň však vykonáva aj akcie, o ktorých užívateľ nevie. Cohen následne zasvätil svoju profesionálnu dráhu výskumu vírusov, a čo je nemenej dôležité, možnostiam obrany proti nim. Práca „krotiteľa vírusov“ ho však neskôr priviedla ku skeptickému záveru, že stopercentná ochrana proti škodlivému softvéru neexistuje.
V roku 1988 Robert Tappan Morris Jr., postgraduálny študent Cornellovej univerzity a syn vedca Národnej bezpečnostnej agentúry, vypustil prvého masovo sa šíriaceho červa. Na rozdiel od vírusov, ktoré sú zabudované v programoch a kopírujú sa zo systému do systému, môže červ cestovať sám bez nosného programu a hľadať akýkoľvek pripojený systém, aby ho infikoval svojimi klonmi. Odhaduje sa, že 5 až 10 percent všetkých počítačov pripojených v tej dobe k internetu – väčšina z nich na univerzitách alebo v iných výskumných zariadeniach – bola napadnutá Morrisovým červom. Jeho auto sa staô prvou osobou, ktorá bola súdená a odsúdená podľa amerického zákona o počítačových podvodoch a zneužívaní z roku 1986. Dostal tri roky podmienečne, potom pôsobil ako profesorom na MIT.
Skutočne globálnym sa však stal až vírus Melissa z roku 1999, ktorý zasiahol približne 250 000 počítačov. Bol však neškodný. Kedykoľvek sa čas dňa zhodoval s dátumom – povedzme 20. mája 5:20 – sa na obrazovke počítača sa objavil citát zo Simpsonovcov . Rok po ňom však prišiel prvý masovo šírený vírus, ktorý spôsobil škody v ráde miliárd dolárov. Volal sa Love Bug , respektíve LoveLetter. Vytvoril ho študent na Filipínach a išlo o počítačového červa pre Windows vytvoreného v jazyku VBScript. Fungoval tak, že do doručenej pošty prišiel email s predmetom „Milujem ťa“. Keď používateľ klikol na jeho prílohu s názvom LOVE-LETTER-FOR-YOU.TXT.vbs, vírus použil Microsoft Outlook, aby sa odoslal každému v adresári používateľa. Potom kontaktoval jednu zo štyroch webových stránok, aby si z nej stiahol trójskeho koňa určeného na zhromažďovanie používateľských mien a hesiel uložených v počítači. Hlavnou funkciou tohto vírusu bolo prepisovanie hudobných, obrazových alebo systémových súborov pri súčasnom nahradení za súbory obsahujúce vírus. Sekundárnou a zároveň veľmi nebezpečnou funkciou bolo vyhľadávanie prístupových mien (ID) a hesiel (Password) v napadnutom systéme a ich následné odoslanie autorovi.
Vírus sa rozšíril viac ako akýkoľvek malvér pred ním, dostal sa do 55 miliónov počítačov. Odhaduje sa, že spôsobil škodu 10 miliárd dolárov, predovšetkým kvôli nákladom pri jeho lokalizácii a odstraňovaní. Ušetrené neboli ani štátne inštitúcie ako americký Pentagon, CIA alebo britský parlament, ktoré boli donútené úplne sa odpojiť od vonkajšej siete, aby mohol byť tento vírus odstránený. Študent Onel de Guzman, ktorý ho vytvoril, unikol trestnému stíhaniu, pretože Filipíny v tom čase nemali žiadny zákon o počítačovej kriminalite.
